Elkan cùng CLB Gillingham có màn chạm trán với Dag & Red - đội bóng ở giải hạng 5 nước Anh tại vòng 2 FA Cup (1/64) 2022/2023. Ở trận này, trung vệ trẻ sinh năm 2022 tiếp tục được tin tưởng xếp chơi từ đầu trong đội hình xuất phát. Elkan Baggott không chỉ hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ phòng ngự mà còn tỏa sáng giúp đội nhà giành vé đi tiếp.
Gillingham FC sớm bị đối thủ vượt lên từ sớm. Tuy nhiên, đến phút 26, Elkan Baggott lập công đưa trận đấu về vạch xuất phát. Bàn thắng này giúp Elkan Baggott trở thành cầu thủ Indonesia đầu tiên và là cầu thủ Đông Nam Á đầu tiên ghi bàn ở FA Cup, giải đấu lâu đời nhất thế giới. Trước đó, Baggott cũng ghi dấu ấn lịch sử khi trở thành cầu thủ Đông Nam Á đầu tiên ra sân ở FA Cup.
Sang hiệp 2, trận đấu diễn ra kịch tính hơn với màn rượt đuổi tỷ số hấp dẫn. Gillingham vượt lên dẫn 2-1, nhưng chỉ ít phút sau Dag & Red đã có bàn gỡ hòa 2-2. Dù chơi hơn người ở 10 phút cuối trận, nhưng phải đến phút bù giờ 90+5, Gillingham mới có được bàn thắng ấn định chiến thắng với tỷ số 3-2.
Với việc đánh bại Dag & Red, Gillingham giành quyền đi tiếp vào vòng 1/32 FA Cup. Đối thủ của Baggott và các đồng đội sẽ là Leicester City, đội bóng đang chơi ở giải Ngoại hạng Anh. Trận đấu này sẽ được tổ chức vào ngày 7/1/2023, ngày trận bán kết 2 của AFF Cup 2022 diễn ra. Điều đó cũng đồng nghĩa Elkan Baggott chỉ kịp trở về thi đấu cho ĐT Indonesia nếu như đội bóng xứ Vạn đảo lọt được vào tới trận chung kết. Nguyên nhân là do AFF Cup 2022 không nằm trong hệ thống giải đấu của FIFA.
Trước đó, đích thân HLV Shin Tae Yong đã phải lặn lội sang tận nước Anh để thuyết phục Gillingham nhả người. Tuy nhiên đội bóng nước Anh chỉ đồng ý cho Elkan Baggott trở về đá AFF Cup 2022 từ vòng bán kết. Với tình thế hiện tại, trung vệ 2002 khó có thể góp mặt trong đội hình Indonesia trước trận chung kết.