Gotze là một trong những bản hợp đồng đầu tiên của Bayern Munich dưới thời Pep Guardiola. Với những gì đã thể hiện trong màu áo Dortmund, anh được kỳ vọng là sẽ trở thành "Messi mới" ở Hùm xám.

Tuy nhiên, dù có khởi đầu tương đối ấn tượng, Gotze càng đá càng như lạc lối trong những chỉ dẫn phức tạp của Guardiola. Anh phải trở lại Dortmund chỉ sau 3 năm, nhưng không bao giờ có thể tìm lại được phong độ từng khiến anh được gọi là "Cậu bé vàng" của bóng đá Đức.