Tháng 2/2016, Man City thông báo Guardiola sẽ thay thế Manuel Pellegrini làm HLV trưởng của CLB từ mùa giải mới, mở đầu một triều đại đã giúp Man xanh giành được hàng loạt danh hiệu cao quý, bao gồm 1 Champions League, 6 Premier League, 2 FA Cup và 4 Cúp Liên đoàn.
Đáng chú ý, Man City dưới triều đại của Pep đã giành "cú ăn ba" lịch sử ở mùa 2022/23, trở thành CLB Anh thứ hai đạt được kỳ tích này sau khi Sir Alex Ferguson đưa Man United đến vinh quang vào mùa 1998/99.
Theo cuốn sách mới States of Play, MU từng tự tin họ có thể đưa Guardiola về Old Trafford để thay thế Louis van Gaal. Các cuộc đàm phán đã diễn ra và Quỷ đỏ tin rằng "lịch sử và tầm vóc" của mình sẽ đủ sức nặng hơn so với hợp đồng béo bở mà Man City đưa ra.
Tuy nhiên, Guardiola cuối cùng đã chọn Man City, khiến MU phải bổ nhiệm đối thủ lâu năm của ông, Jose Mourinho, làm HLV trưởng vào mùa hè cùng năm.
Sir Alex từng thừa nhận muốn Guardiola kế nhiệm mình tại Old Trafford khi ông nghỉ hưu vào năm 2013. Trong cuốn tự truyện Leading xuất bản năm 2015, Ferguson nhớ lại: "Tôi đã ăn tối với Pep ở New York vào năm 2012, nhưng lúc đó tôi không thể đưa ra lời đề nghị chính thức vì chưa có ý định nghỉ hưu".
Trong một cuộc phỏng vấn năm 2017, Guardiola cho biết ông không nhớ có lời đề nghị nào từ Ferguson. "Ông ấy gợi ý tôi đến Old Trafford ư, tôi không nhớ nữa", Guardiola giải thích.
"Chúng tôi chỉ nói chuyện về cuộc sống, về bóng đá, về Premier League nhưng không có lời mời nào trên bàn ăn cả. Chỉ là hai người bạn, đồng nghiệp trong bóng đá trò chuyện về nhiều thứ. Tôi nhớ khi ông ấy nói nhanh thì hơi khó hiểu chút, nhưng đó là một cuộc gặp thú vị".
Vào ngày 11/11 tới, MU sẽ chính thức thi đấu dưới thời tân HLV trưởng Ruben Amorim sau khi chia tay Erik ten Hag. Trong khi đó, Pep sẽ đáo hạn hợp đồng với Man City vào cuối mùa này.