Ban đầu, mức phí chuyển nhượng được cho khoảng 50 triệu euro. Tuy nhiên, RB Leipzig rốt cuộc chỉ phải trả cho Chelsea 20 triệu euro để có sự phục vụ của Werner. Điều này đồng nghĩa The Blues chấp nhận lỗ hơn một nửa bởi hè 2020, họ đã mua tiền đạo 26 tuổi với giá 53 triệu euro.

Trong lần tái ngộ này, Werner ký hợp đồng 4 năm với RB Leipzig. Chia sẻ trong ngày trở lại Leipzig, tuyển thủ Đức tỏ ra đầy phấn khích: "Tôi rất vui khi một lần nữa được chơi cho RB Leipzig. Tôi đã có khoảng thời gian tuyệt vời ở đây từ năm 2016 đến 2020, khi chúng tôi thể hiện xuất sắc với tư cách là tân binh của giải đấu.

Tôi rời CLB với tư cách là tay săn bàn kỷ lục, song đó là quá khứ và tôi đang nhìn về phía trước. Bởi tôi và CLB đều đã phát triển trong 2 năm qua. Tôi đã có 2 năm tuyệt vời ở Chelsea. Tôi thực sự biết ơn CLB, nơi đã cùng tôi đoạt chức vô địch Champions League.

Kinh nghiệm thi đấu ở nước ngoài ở một giải đấu mới thực sự giúp ích cho tôi và sự nghiệp của tôi. Bây giờ tôi đang mong chờ mùa giải mới với RB Leipzig, và trên hết là được gặp lại những người hâm mộ Leipzig, những người có ý nghĩa rất lớn đối với tôi. Chúng tôi muốn cùng nhau thu lượm nhiều thứ, và tất nhiên tôi muốn trở thành cầu thủ Leipzig đầu tiên đạt cột mốc 100 bàn thắng".

Trong nhiệm kỳ đầu khoác áo Leipzig, Werner đã ghi 90 bàn sau 156 lần ra sân, trở thành tay săn bàn vĩ đại nhất lịch sử đội bóng này. Điều này trái ngược hoàn toàn so với những gì anh thể hiện ở Chelsea, với vỏn vẹn 23 pha lập công sau 89 trận.