Pellistri gia nhập M.U hồi mùa hè 2020 với giá 10 triệu euro từ Penarol và được xếp thi đấu ở đội U23 M.U để làm quen cũng như hòa nhập với cuộc sống tại nước Anh.

Cầu thủ trẻ người Uruguay nhận được đánh giá cao của BHL đội dự bị và bản thân cũng gây được ấn tượng mạnh. Cầu thủ đến từ Uruguay đã chơi 8 trận cho đội U23 MU (tổng cộng 643 phút), ghi được 3 bàn thắng và kiến tạo 1 bàn khác.

Nhận thấy Pellistri cần có thêm sự trải nghiệm và sẽ tốt hơn nếu được thi đấu thường xuyên, MU quyết định cho anh chuyển tới 1 CLB khác để được rèn luyện và hoàn thiện bản thân.

Cuối cùng, MU đồng ý để Pellistri chuyển đến Alaves theo dạng cho mượn hết mùa giải. Đây là CLB có thể đảm bảo cho Pellistri ra sân thường xuyên nếu anh chăm chỉ tập luyện và cầu tiến tại CLB mới. Alaves đang đứng thứ 18 trên BXH La Liga 2020/21 khi có 19 điểm. CLB này với sự bổ sung từ Pellistri đang quyết tâm trụ hạng bằng mọi giá.

Hợp đồng giữa Pellistri và Man Utd kéo dài đến tháng 6/2025 kèm theo tùy chọn gia hạn 1 năm. Bản thân HLV Ole Solskjaer khẳng định cầu thủ người Uruguay có tương lai tươi sáng ở Old Trafford: "Các tuyển trạch viên của chúng tôi đã theo dõi Facundo trong một thời gian dài và chúng tôi tin rằng cậu ấy sẽ là một tài năng thực sự trong tương lai. Chúng tôi hiểu rằng sẽ mất thời gian để cậu ấy thích nghi với bóng đá Anh nhưng Pellistri sẽ hay hơn nữa khi sở hữu tốc độ và kỹ thuật tuyệt vời".