Nguyễn Filip ký hợp đồng 3 năm với CLB Công an Hà Nội vào tháng 6/2023. Anh đã trải qua 2 mùa giải rưỡi với đội bóng ngành công an, bao gồm giai đoạn 2 V.League 2023, mùa 2023/24 và hiện tại là 2024/25. Theo thoả thuận với CLB Công an Hà Nội, thủ môn CH Séc sẽ thi đấu tiếp mùa 2025/26. Anh có thể đàm phán gia hạn hợp đồng với đội chủ sân Hàng Đẫy hoặc lựa chọn một điểm đến khác cho bản thân.
Nhiều khả năng, Nguyễn Filip đang hướng về Thai League (giải VĐQG Thái Lan) hoặc J.League (giải VĐQG Nhật Bản) sau giai đoạn chinh chiến ở V.League. Điều này hoàn toàn phù hợp với cá tính của Nguyễn Filip. Thủ môn sinh năm 1992 luôn muốn thử thách bản thân ở những môi trường khác nhau.
Từ CH Séc trong màu áo Slovan Liberec, Slovack cho đến nay là Công an Hà Nội ở Việt Nam, Nguyễn Filip luôn tìm kiếm những bài tập mới để nâng cao trình độ của mình. Mới nhất, Nguyễn Filip thường đeo một loại kính đặc biệt, che bớt tầm nhìn nhằm làm quen với những pha dứt điểm vào các vị trí khó mà mắt thường vô tình không thể thấy rõ.
Nguyễn Filip là gương mặt chơi tốt trong trận chung kết lượt đi giải vô địch các CLB Đông Nam Á 2024/25. Dù để thủng lưới 2 bàn trước Buriram nhưng anh cũng có tới 5 tình huống cứu thua cho CLB Công an Hà Nội.
Nhìn lại hành trình 2 mùa giải rưỡi tại đội bóng ngành công an, Nguyễn Filip đã giành được 1 chức vô địch V.League. Anh kỳ vọng có thể cùng đội nhà chinh phục Cúp Quốc gia và Cúp các CLB Đông Nam Á. Hiện tại, Nguyễn Filip cũng là cầu thủ Việt kiều hiếm hoi vào chung kết giải Đông Nam Á chỉ trong vòng 5 tháng. Trước đó, Filip cùng ĐT Việt Nam vô địch AFF Cup 2024, và tại đó, Việt Nam cũng đã đánh bại Thái Lan.
Trong tương lai, nếu sang Thái Lan hay Nhật Bản chơi bóng, Nguyễn Filip cũng không bị ảnh hưởng quá nhiều đến cống hiến cho ĐT Việt Nam trong các đợt FIFA Days. Tuy nhiên, anh sẽ khó tham dự AFF Cup - giải đấu vốn không thuộc lịch FIFA Days. Điều đó tương tự như Đặng Văn Lâm cách đây vài năm khi anh chơi cho Muangthong United (Thái Lan) và Cerezo Osaka (Nhật Bản).