14 tháng kể từ trận đấu gần nhất cùng Dortmund, Guendogan đã bình phục và sẵn sàng trở lại tập luyện. 

Một chuỗi chấn thương liên tiếp tái phát đã khiến tuyển thủ Đức gốc Thổ phải ngồi ngoài suốt cả mùa bóng trước, một nỗi thất vọng với bản thân anh và với HLV Juergen Klopp, nhất là trước thời điểm đó anh đang thi đấu rất hay. Chính phong độ cao của Guendogan đã đóng vai trò quan trọng giúp đội bóng vùng Ruhr vào tới chung kết Champions League 2012/13.

Hơn 1 năm không chơi bóng, cầu thủ 23 tuổi đã tăng trọng lượng đáng kể, nhưng anh vẫn còn rất trẻ và sung mãn, bởi vậy hoàn toàn có thể khôi phục vóc dáng và phong độ như trước khi chấn thương.

Kỳ chuyển nhượng mùa Hè qua, dù vẫn đang phải dưỡng thương, Guendogan vẫn được cả M.U và Real Madrid liên hệ. Tuy nhiên, Dortmund rất cương quyết giữ chân tiền vệ này bởi vừa mất một trụ cột khác là Robert Lewandowski vào tay Bayern Munich.