Mourinho tiếp quản băng ghế huấn luyện tại Man United thay thế Louis van Gaal vào mùa hè năm 2016. Trước đó, chiến lược gia người Hà Lan đã trao cơ hội cho những cầu thủ của đội trẻ Man United như Marcus Rashford và Jesse Lingard lên đội một trong thời kỳ ông ấy cầm quân.
Tuy nhiên, cánh cửa từ học viện vào đội một dường như luôn đóng chặt trong thời kỳ cầm quyền của Mourinho. Thuyền trưởng người Bồ Đào Nha thích đưa về những cầu thủ giàu kinh nghiệm, những gương mặt quen thuộc với ông như Zlatan Ibrahimovic hay Nemanja Matic hơn.
Man United đã giành được League Cup và Europa League trong mùa giải đầu tiên của Mourinho, nhưng kết quả nhanh chóng đi xuống ở mùa giải tiếp theo và ông đã bị sa thải một cách đáng tiếc vào tháng 12/2018.
Rooney tin rằng cựu huấn luyện viên của Chelsea, Inter Milan, Real Madrid, Tottenham và hiện ở AS Roma có thể sẽ được thoải mái nếu ông tin tưởng các cầu thủ trẻ nhiều hơn.
"Khoảng cách giữa học viện với đội một và huấn luyện viên, đặc biệt dưới thời Mourinho là rất lớn. Nó gần như không tồn tại", Rooney nói trên Sky Sports ở chương trình Monday Night Football.
"Mối quan hệ mà học viện đã có với Sir Alex Ferguson trong 26 năm là rất tốt nhưng sau đó dường như họ không có bất cứ cơ hội nào đến gần đội một... Gần giống như đã có một cuộc ly hôn giữa đội một và học viện", Rooney nói thêm.