HLV Phan Thanh Hùng làm việc ở HN.T&T trong 6 năm và chinh phục nhiều đỉnh cao ở đây, với 2 chức vô địch, 4 ngôi á quân V.League, 1 siêu Cúp QG, nhiều lần giành danh hiệu HLV xuất sắc nhất tháng, xuất sắc nhất mùa giải. Thành công lớn hơn cả là HLV Phan Thanh Hùng là tình cảm của người HN.T&T dành cho ông khi nhà cầm quân người xứ Quảng đầu quân cho Than Quảng Ninh.
Chủ tịch HN.T&T Nguyễn Quốc Hội tâm sự: “HLV Phan Thanh Hùng rời HN.T&T là tổn thất, mát mát rất nặng nhưng bóng đá vẫn phải tiếp tục. Sau ngần ấy năm chiến đấu bên nhau, bao nhiêu kỷ niệm, ngọt bùi, vinh quang có, buồn đau, thất bại cũng chẳng phải ít.
Anh em có lúc vui vầy bên nhau, có lúc giận hờn vì bất đồng chính kiến, phản biện nhưng đó là tình cảm. Khi thấy Hùng dọn đồ, khoá vali rồi xách túi ra đi, tôi cảm thấy hụt hẫng và như mình mất đi một cái gì đó rất quý giá…”.

Công sức và cống hiến của HLV Phan Thanh Hùng cũng được người HN.T&T ghi nhận. “Thành công lớn nhất của Hùng là xây dựng được cho HN.T&T lối đá và phong cách khác biệt hẳn với phần còn lại.
Công việc của HLV Chu Đình Nghiêm bây giờ cũng là phát triển trên nền móng mà HLV Phan Thanh Hùng đã xây. Tôi biết, Hùng yêu Hà Nội và gắn bó máu thịt với HN.T&T. Chúng tôi luôn coi Hùng là một thành viên trong đại gia đình”, Chủ tịch HN.T&T Nguyễn Quốc Hội tiếp lời.
Về phần mình, khi được hỏi về người cộng sự quan trọng nhất của mình khi còn làm việc ở HN.T&T, HLV Phan Thanh Hùng trả lời mà không cần suy nghĩ: “Đó là Chủ tịch Nguyễn Quốc Hội – một người an hem, một người cộng sự giỏi giang, bản lĩnh, sang tạo, nhiệt huyết và người bọc lót đại tài của đội bóng”.