Tại vòng 1/8, bàn thắng của Mostafa Ziko bên phía Ai Cập vào lưới ĐT Argentina bị VAR hủy bỏ, vì trọng tài Francois Letexier nhận định Marwan Attia đã giẫm vào chân Lisandro Martinez trước đó. Quyết định gây tranh cãi lớn vì tình huống diễn ra từ nhiều giây trước và ở rất xa khung thành. Dù Ziko sau đó vẫn lập công để dẫn 2-0, nhưng Argentina đã ngược dòng thắng 3-2 đầy kịch tính. Cuối trận, Ai Cập phản ứng dữ dội đòi phạt đền sau pha phạm lỗi của Alvarez với Salah nhưng bị từ chối. Trợ lý Saafan El-Sagheer nhận thẻ đỏ, còn HLV Hossam Hassan bị phạt thẻ vàng. Sau trận, Ziko thẳng thừng gọi World Cup là giải đấu "bị dàn xếp" để bảo vệ nhà ĐKVĐ thế giới và giữ chân Lionel Messi ở lại giải.
Tại vòng 32 đội, Bồ Đào Nha được hưởng phạt đền tranh cãi sau va chạm giữa Nikola Vlasic và Renato Veiga, khiến Luka Modric bất bình cho rằng cả hai chỉ tì đè bình thường. Bồ Đào Nha sau đó thắng 2-1 và giành quyền đi tiếp nhờ VAR từ chối bàn gỡ hòa muộn của Josko Gvardiol do lỗi việt vị. Công nghệ cảm biến Connected Ball trong quả bóng đã xác nhận Igor Matanovic có chạm nhẹ vào bóng khiến Mario Pasalic rơi vào thế việt vị trước khi Gvardiol ghi bàn. Quá phẫn nộ với công nghệ và trọng tài, LĐBĐ Croatia đã gửi thư khiếu nại chính thức lên Chủ tịch FIFA Gianni Infantino để phản đối việc áp dụng sai công nghệ VAR, trong khi truyền thông và người hâm mộ Croatia phản ứng vô cùng tiêu cực.
Trận đấu vòng 1/16 giữa Mỹ và Bosnia chứng kiến tấm thẻ đỏ trực tiếp đầy tranh cãi của Folarin Balogun sau khi VAR vào cuộc. Trọng tài Raphael Claus đuổi tiền đạo người Mỹ vì lỗi đạp vào cổ chân hậu vệ Tarik Muharemovic trong một pha tranh chấp trên không. Quyết định này bị chỉ trích là quá nặng tay, ngay cả nạn nhân Muharemovic cũng thừa nhận pha bóng không đáng nhận thẻ đỏ. Dư luận lập tức so sánh tình huống này với việc Lionel Messi thoát thẻ đỏ trước Algeria, dấy lên nghi ngờ về "tiêu chuẩn kép" của trọng tài. Trận đấu thêm nóng khi huấn luyện viên Sergej Barbarez của Bosnia nhận thẻ vàng vì lỗi phản ứng, giấu bóng không trả cho Malik Tillman sau khi trọng tài bỏ qua lỗi của Antonee Robinson với Esmir Bajraktarevic.
Tại vòng 1/16 đội, Senegal bị loại đau đớn với thất bại 2-3 trước Bỉ bởi một quả phạt đền nghiệt ngã từ VAR ở những phút bù giờ của hiệp phụ. Trọng tài đưa ra quyết định sau khi xem lại băng hình tình huống va chạm giữa Lamine Camara và Youri Tielemans trong vòng cấm. Chính Tielemans đã bình tĩnh thực hiện thành công cú sút phạt đền để hoàn tất cú lội ngược dòng ngoạn mục cho tuyển Bỉ sau khi bị dẫn trước 0-2. Quyết định thổi phạt này lập tức vấp phải làn sóng chỉ trích dữ dội từ giới chuyên môn. Nhiều nhà bình luận thẳng thắn lập luận rằng Tielemans mới là người chủ động bước cắt mặt Camara và cố tình tạo ra tình huống va chạm để kiếm phạt đền, khiến chiến thắng của tuyển Bỉ trở nên kém thuyết phục.
Tại vòng 1/16 đội, Đức đã bị từ chối một bàn thắng trong hiệp phụ của Jonathan Tah sau khi VAR can thiệp. Trọng tài Jalal Jayed nhận định Waldemar Anton đã phạm lỗi cản trở thủ môn Orlando Gill của Paraguay trước đó. Quyết định này gây tranh cãi lớn khi huấn luyện viên Julian Nagelsmann tức giận gọi đây là "một trò đùa" và khẳng định không hề có lỗi rõ ràng. Trận đấu khép lại với tỷ số 1-1 và Đức đã thất bại 3-4 trên chấm luân lưu, đánh dấu lần đầu tiên nhà cựu vô địch thế giới bốn lần để thua trong một loạt đấu súng tại World Cup. FIFA sau đó lên tiếng bảo vệ quyết định của trọng tài, giải thích rằng các trọng tài đã được hướng dẫn nghiêm khắc để thổi phạt những hành vi cản trở thủ môn tương tự trước giải.
Trận hòa 1-1 giữa Iran và Ai Cập bị che mờ bởi tình huống hủy bàn thắng ở phút bù giờ. Từ cú sút của Mohammad Ghorbani, bóng chạm Hamza Abdelkarim trước khi Shoja Khalilzadeh ập vào dứt điểm cận thành tung lưới Ai Cập. Iran ăn mừng cuồng nhiệt nhưng công nghệ VAR kết hợp với hệ thống việt vị bán tự động (SAOT) đã từ chối bàn thắng. Khalilzadeh bị xác định việt vị chỉ bằng mũi giày so với thủ môn Mostafa Shobeir và hậu vệ cuối cùng. Phía Ai Cập cũng phản ứng vì cho rằng Shahriyar Moghanlou đã để bóng chạm tay trước đó. Quyết định được giữ nguyên khiến trận đấu kết thúc với tỷ số hòa. Kết quả này đẩy Iran xuống vị trí thứ 3 bảng G với 3 trận hòa, chính thức bị loại do không nằm trong nhóm các đội đứng thứ ba có thành tích tốt nhất.
Trong trận đấu với Qatar ở vòng bảng, Thụy Sĩ đã vươn lên dẫn trước nhờ bàn thắng trên chấm phạt đền của Breel Embolo sau khi công nghệ VAR vào cuộc. Nhiều câu hỏi lập tức được đặt ra về khả năng đã có lỗi việt vị trong tình huống dàn xếp tấn công trước đó, nhưng một sự cố kỹ thuật đột xuất đã khiến đồ họa việt vị của VAR không thể phát sóng trên truyền hình. Khi trận đấu kết thúc, FIFA phải ra thông báo chính thức giải thích rằng lỗi mất điện kỹ thuật đã ngăn đồ họa hiển thị, nhưng sự cố đã được khắc phục nhanh chóng. Họ khẳng định quyết định ban đầu của trọng tài hoàn toàn chính xác và cầu thủ Thụy Sĩ ở vị trí hợp lệ. Dù vậy, việc thiếu hình ảnh đồ họa trực quan đã gây ra sự hoang mang lớn cho khán giả truyền hình.
