Tại SEA Games 31, Ban tổ chức đại hội đã tiến hành kiểm tra doping (chất cấm) ngẫu nhiên với gần 1.000 vận động viên của 11 đoàn thể thao. Các vận động viên được chọn kiểm tra doping dựa trên hai yếu tố: thành tích thi đấu và nguy cơ trong việc sử dụng doping. Các mẫu kiểm tra doping này (được gọi là mẫu A) được bảo quản khắt khe, có người trực tiếp mang từ Hà Nội đến phòng thí nghiệm tại Bangkok (Thái Lan) để làm xét nghiệm trước khi công bố kết quả.
Ngày 14/9, theo Tuổi trẻ, một số vận động viên Việt Nam và của các đoàn thể thao nước ngoài dự SEA Games 31 có kết quả xét nghiệm mẫu A dương tính với doping. Được biết, có khoảng 6 mẫu dương tính đến từ các vận động viên Việt Nam. Trong số đó, có vận động viên đến từ môn trọng điểm là điền kinh.
Trong số những vận động viên có mẫu A dương tính với doping có những người đã giành huy chương vàng tại SEA Games 31. Nếu mẫu B tiếp tục dương tính (hoặc vận động viên không đề nghị phải xét nghiệm thêm mẫu B), vận động viên sẽ bị tước huy chương và đối mặt với án phạt rất nặng như cấm thi đấu nhiều năm, phạt tiền...
Theo nguồn tin của Thanh Niên cập nhật sau đó, Ban tổ chức SEA Games 31 sẽ công bố trước 2 VĐV Việt Nam của đội điền kinh dương tính với doping. Đây là 2 VĐV rất nổi tiếng vừa giành huy chương vàng và huy chương bạc SEA Games 31.Sau 2 VĐV điền kinh nói trên, Ban tổ chức sẽ tiến tới việc công bố tiếp một số VĐV Việt Nam khác, trong đó có VĐV của môn võ. Tháng 4 vừa qua, có 6 VĐV đội thể hình Việt Nam bị phát hiện dùng doping khi và đã bị gạt khỏi danh sách đội dự SEA Games 31.
Đoàn thể thao Việt Nam dự đại hội với 1.341 thành viên, trong đó có 956 vận động viên ở hầu hết các nội dung, các môn thi của đại hội. Kết quả, đoàn thể thao Việt Nam đã giành 205 huy chương vàng, 125 huy chương bạc, 116 huy chương đồng và đứng vị trí nhất toàn đoàn.
