Do ảnh hưởng của đại dịch Covid 19, LĐBĐ châu Á (AFC) đã thay đổi thể thức thi đấu vòng knock-out, từlượt đi và lượt về chuyển sang thi đấu trận duy nhất ở địa điểm tập trung. Tuy nhiên, vào phút chót AFC chính thức quyết định hủy tất cả các trận đấu AFC Cup 2021 của khu vực Đông Nam Á, gồm bảng đấu G (Hà Nội FC), H (Sài Gòn FC) và I. Nguyên do, sau khi LĐBĐ Singapore (FAS) rút lui đăng cai bảng H và I, AFC đã không tìm được địa điểm khác thay thế.
Ngoài Đông Nam Á và một số quốc gia khác, các trận đấu ở các bảng vẫn diễn ra và cuối cùng, AFC Cup 2021 đã tìm được tân vương khi Muharraq khi đánh bại Nasaf với tỷ 3-0 nhờ các pha lập công của Sabba Jameel, Flávio Cheveresan và Mahmoud Al-Mardi.
Tiền đạo Al Maloud (Muharraq) đã giành danh hiệu Cầu thủ xuất sắc nhất giải. Trong khi ngôi sao mới 19 tuổi Khusain Norchaev (Nasaf) giành danh hiệu Vua phá lưới với 7 bàn thắng, đồng thời phá hai kỷ lục: cầu thủ trẻ nhất và ghi nhiều bàn thắng nhất lịch sử giải đấu.