Sau khi về nước khoác áo ĐT Việt Nam, tiền đạo Mạc Hồng Quân đã tạo được nhiều sự chú ý. Chính vì thế, trước khi bước vào giai đoạn 2 mùa giải năm ngoái, Thanh Hóa đã ký hợp đồng với tiền đạo Việt kiều này.
Chỉ đá một nửa mùa giải nhưng Hồng Quân hòa nhập khá nhanh với đội bóng xứ Thanh. Kết thúc mùa giải 2013, với 5 bàn thắng ghi được, Hồng Quân được Thanh Hóa gia hạn hợp đồng đến mùa 2014.
Tuy nhiên, ở giai đoạn một mùa giải 2014, Hồng Quân không thể cạnh tranh vị trí được với Sunday, Văn Tân nên thường xuyên ngồi ghế dự bị. Có một số trận, Hồng Quân được tung vào sân nhưng anh chưa thể phát huy được khả năng của mình.
Ở trận đấu gần nhất giữa Thanh Hóa-ĐT.LA, việc tiền vệ Nguyễn Rogerio bị chấn thương, Ceh bị thẻ phạt đã tạo điều kiện cho Hồng Quân có cơ hội đá chính. Đáng tiếc, Hồng Quân chỉ để lại ấn tượng về những pha bỏ lỡ cơ hội. Hồng Quân xuống phong độ "không phanh" đã buộc Thanh Hóa đành lòng thanh lý hợp đồng trước thời hạn.
Sở dĩ Thanh Hóa sớm chia tay với Hồng Quân vì muốn tạo điều kiện cho anh kiếm được đội bóng mới để có thể góp mặt ở lượt về V-League 2014. Tuy nhiên, trước khi chia tay Thanh Hóa, Hồng Quân sẽ gửi lại số tiền lót tay đã ứng trước của Thanh Hóa là 800 triệu đồng.
