Thực tế, Minh Phương đã nắm vai trò giám đốc kỹ thuật của đội hạng Nhất này từ mùa giải 2016 và kéo dài đến thời gian đầu mùa giải 2017. Sau đó, anh được lãnh đạo CLB Long An mời về nắm vai trò HLV trưởng khi đội bóng này bị BTC giải kỷ luật trưởng đoàn, HLV trưởng và 2 cầu thủ do sự cố ở vòng 6 của V.League 2017. 

Tuy nhiên, điệp vụ “giải cứu” của Minh Phương đã bất thành khi đội Long An rớt hạng mùa giải năm ấy. Đến V.League 2018, Minh Phương về làm HLV trưởng của SHB Đà Nẵng và mối lương duyên giữa anh cùng CLB này cũng đã kết thúc sau khi mùa giải khép lại, dù SHB Đà Nẵng xếp ở vị trí thứ 10.

Sau khi chia tay sân chơi V.League, lãnh đạo CLB Bình Phước đã mời HLV Nguyễn Minh Phương quay lại với vai trò giám đốc kỹ thuật cho đội ở mùa giải 2019, bởi thời gian anh nắm giữ vai trò này ở Bình Phước, đội bóng hạng Nhất đã có những chuyển biến rất đáng kể. 

Quay về mái nhà xưa, Minh Phương cho biết đang lên kế hoạch gây dựng lại đội bóng đá của quê nhà tốt hơn, đặc biệt là xây dựng hệ thống đào tạo trẻ nhằm giúp bóng đá Bình Phước có thể phát triển bền vững hơn trong thời gian tới.