Liên đoàn bóng đá Indonesia (PSSI) bổ nhiệm Patrick Kluivert, một người Hà Lan vốn có mối quan hệ tốt với các cầu thủ nhập tịch Hà Lan để thay thế cho Shin Tae Yong. Lý do được báo chí Indonesia miêu tả, ông Shin có những xung đột với nhóm cầu thủ nhập tịch. Và nhóm này cũng đã bày tỏ ra mặt, việc nhà cầm quân Hàn Quốc đã không làm chủ được phòng thay đồ cũng như tạo ra bầu không khí căng thẳng của đội tuyển.

Shin Tae Yong đã im lặng trước những thông tin nhắm vào ông. Tuy nhiên, khi hoàn tất các điều khoản thanh lý hợp đồng với PSSI, Shin đã lên tiếng, tố ngược lại những điều mà ông cho là không có thật. “Tôi muốn hỏi những người tấn công tôi bằng những câu chuyện không có thật, có phải mục đích của họ là phá hủy danh dự của tôi và bóng đá Indonesia? Nó sẽ giúp ích cho Indonesia chứ?”, HLV Shin nói.

“Tôi yêu Indonesia và bóng đá Indonesia, vì vậy tôi đã trở về nhà với cảm giác thoải mái. Tuy nhiên, một số kênh truyền thông lại đang đưa tin về những câu chuyện không đúng sự thật về tôi. Một lần nữa, tôi xin nói rõ rằng không có tin đồn nào là sự thật. Nếu tình trạng này tiếp tục, tôi sẽ không để yên", Nhà cầm quân người Hàn Quốc chia sẻ thêm.

HLV Shin Tae Yong chính thức trở thành HLV trưởng của Indonesia để thay thế  cho ông Simon McMenemy vào tháng 12/2019  với bản hợp đồng 4 năm. Nhiệm vụ đầu tiên của ông thầy người Hàn Quốc này là cùng U20 Indonesia chuẩn bị cho VCK U20 thế giới 2023. Tuy nhiên, kế hoạch bị phá sản do FIFA tước quyền đăng cai của Indonesia.

Một trong những nhiệm vụ lớn khác của Indonesia với HLV Shin Tae Yong là hướng đến vòng loại World Cup 2022. Tuy vậy, đội bóng xứ Vạn đảo bị loại ngay ở vòng loại thứ hai. Thành tích tốt nhất của vị chiến lược gia người Hàn Quốc với đội bóng xứ Vạn đảo ở thời điểm đầu là vào chung kết AFF Cup 2020. Nhưng cũng như những lần vào tranh cúp vô địch trước đó, thầy trò ông Shin Tae Yong vẫn chỉ là “kẻ thất bại vĩ đại”. 

Sau một thời gian đầu không mấy ấn tượng, HLV Shin Tae Yong đã chiếm được lòng tin khi lần đầu tiên đưa U23 Indonesia vượt qua vòng loại U23 châu Á 2024 sau 16 năm. Chưa dừng lại ở đó, U23 Indonesia dưới trướng của ông Shin đã đi đến trận bán kết một cách ngoạn mục và giành vé dự play-off Olympic Paris 2024 (nhưng thất bại). Chính  thành tích này đã giúp cho ông Shin Tae Yong được gia hạn hợp đồng đến năm 2027.

Trong năm 2024, Indonesia có sự thay đổi mạnh về lực lượng khi tìm kiếm, kêu gọi các cầu thủ có gốc Indonesia về khoác áo ĐTQG. Với rất nhiều cầu thủ người Hà Lan có dòng máu Indonesia, đội bóng xứ Vạn đảo đã chơi rất ấn tượng để góp mặt ở vòng loại thứ ba World Cup 2026 và giành vé dự Asian Cup 2027. Nhưng theo đánh giá của truyền thông Indonesia thì “Giờ đây, đội tuyển quốc gia Indonesia đang gặp khó khăn trong việc nuôi hy vọng giành quyền tham dự World Cup 2026 tại Mỹ, Canada và Mexico vào năm tới”.

Mục tiêu lớn ở World Cup 2026 đang bị thách thức trong lúc AFF Cup 2024 bị loại ngay vòng đấu bảng nên có lẽ, đó là những lý do để LĐBĐ Indonesia đưa ra quyết định sa thải ông Shin Tae Yong trước 2 năm hợp đồng.