Sau khi nhận hồ sơ từ Ban tổ chức giải, Ban kỷ luật đã xem xét, đánh giá. Nổi cộm nhất là trận đấu giữa Thanh Hóa và MarryLand Quy Nhơn Bình Định. Ban kỷ luật đã đưa ra các án phạt cho một số thành viên, đội bóng gây nên những hình ảnh không đẹp trên sân cỏ.

Theo đó, bác sỹ Dương Tiến Kỷ của Thanh Hóa bị phạt 10 triệu đồng, cấm tham gia làm nhiệm vụ 2 trận. Phó đoàn Bùi Võ Viết Tuấn của Bình Định bị phạt 15 triệu đồng, cấm tham gia nhiệm vụ 4 trận đấu. Ban tổ chức sân Quy Nhơn bị phạt 30 triệu đồng do không đảm bảo được an ninh, an toàn của trận đấu khi để khán giả ném chai lọ xuống sân. 

Cuộc đọ sức giữa Bình Định và Thanh Hóa và Quy Nhơn diễn ra khá nóng với những màn va chạm của cầu thủ hai đội. Một số thành viên của 2 đội cũng lao vào tranh cãi như 'châm ngòi" cho khán giả ở trên sân ném chai nước xuống đường pitch tạo nên tình cảnh không đẹp mắt. HLV Popov của Thanh Hóa cũng có những phản ứng gay gắt với trọng tài. 

Với những hình ảnh trong trận đấu giữa Công an Hà Nội và Nam Định, Ban kỷ luật giao cho BTC giải nhắc nhở cầu thủ Văn Kiên của Nam Định và HLV Gong Oh Kyn của CAHN. Ở trận đấu này, vị chiếc lược gia người Hàn Quốc đã “sửng cồ” với Văn Kiên sau cầu thủ của Nam Định có động tác đẩy ông Gong để lấy bóng.  Riêng Phó đoàn CAHN Lê Xuân Hải bị phạt 5 triệu đồng.