Suốt gần 1 năm qua, Aguero thường xuyên vật lộn với chấn thương, chưa kể còn bị ảnh hưởng sức khỏe rất nhiều do nhiễm Covid-19. Đó là lý do khiến Man City quyết định không gia hạn hợp đồng với anh, bất chấp ngôi sao người Argentina đã có những đóng góp to lớn ở Etihad. Ở mùa giải 2020/21, Aguero chỉ ra sân 20 trận cùng Man City, trong đó có 12 trận ở Premier League và 7 trận ở Champions League.
Aguero dính chấn thương đầu gối hồi cuối tháng 9 năm ngoái và nghỉ thi đấu gần 1 tháng. Sau khi trở lại đá được 2 trận cho Man City, anh dính chấn thương bắp đùi, rồi sau đó tiếp tục tái phát chấn thương đầu gối. Phải nghỉ thi đấu đến gần hết năm 2020, nhưng khi vừa tái xuất, anh dương tính với SARS-CoV-2 và phải xa sân cỏ thêm 8 trận.
Aguero rõ ràng đang trong tình trạng thể lực không tốt. Thế nên, anh cũng không được HLV Lionel Scaloni sử dụng nhiều ở Copa America 2021. Được biết, Barca đã chuẩn bị sẵn chuyên gia thể lực để giúp tiền đạo người Argentina phục hồi sức khỏe, đồng thời họ mời các chuyên gia dinh dưỡng lên một thực đơn ăn uống theo chế độ rất nghiêm ngặt cho Aguero.