Ndombele bị loại khỏi danh sách gặp Chelsea ở trận lượt về bán kết Cúp Liên đoàn dù không gặp vấn đề gì về sức khỏe. Đây nhiều khả năng là hệ quả của việc Ndombele đã tỏ thái độ không đúng khi bị thay ra ở trận gặp Morecambe ở vòng 3 FA Cup.
Khi Tottenham đang bị dẫn 0-1 trước đại diện League One, Ndombele bị thay ra ở phút 69 nhưng thay vì nhanh nhẹn rời sân, anh lại đi lững thững và ngay lập tức bị khán giả nhà la ó dữ dội. Ndombele sau đó đã đi thẳng vào đường hầm và chỉ trở lại lên ghế dự bị vài phút sau.
Ngay sau khi Ndombele rời sân, Tottenham chơi khởi sắc và thắng ngược 3-1. Điều này càng thể hiện tiền vệ người Pháp chính là "cừu đen" kéo cả đội đi xuống. Theo truyền thông Anh, BLĐ Tottenham đã ra án phạt, loại Ndombele ra khỏi đội một và bắt anh phải tập riêng.
Conte chia sẻ lý do loại Ndombele ra khỏi trận gặp Chelsea: "Đây là một quyết định mang tính kỹ thuật nhưng trước khi đưa ra quyết định, tôi đã tham khảo ý kiến CLB. Trong đội bóng có những quy định và chúng ta phải tuân thủ".
Khi được hỏi liệu sự nghiệp của Ndombele tại Tottenham đã kết thúc chưa, Conte lấp lửng: "Cho đến thời điểm này, Ndombele vẫn là một cầu thủ của Tottenham. Chính vì thế, bạn phải coi anh ấy là một thành viên của Tottenham".
Với khả năng của mình, Ndombele được nhiều đội bóng quan tâm. Tuy nhiên, mức lương rất cao của anh là một trở ngại. Napoli là đội quyết tâm muốn có Ndombele nhất nhưng tiền vệ người Pháp không thích tới Serie A. Kể từ khi gia nhập vào năm 2019, Ndombele đã thi đấu 91 trận, ghi 10 bàn và có 9 kiến tạo. Trước Conte, Ndombele cũng gặp rắc rối với một HLV khác là Jose Mourinho.